تقوم فلسفة المتحف العلمى المتنقل على اساس  تغطية المدارس ، ودور رعاية الأيتام ، و مراكز الشباب فى المناطق النائية التى يصعب وصول  طلاب تلك المناطق الي مركز  سوزان مبارك وذلك لإمدادهم بالأفكار العلمية ، وتقديم نموذج مصغر من الأجهزة العلمية والأقراص المدمجة العلمية
 ( CD ) ، وذلك عن طريق تقديمها فى صورة العاب علمية ، وأبتكارات أبداعية التى تهدف الى تبسيط ، وشرح مناهج العلوم المختلفة ، ودمجها مع بعض .